Singularity 安装与 NVIDIA HPL 容器使用笔记

这篇记录 Singularity 的源码安装，以及使用 NVIDIA HPC Benchmarks 容器运行 HPL/HPCG 前的准备。

安装 Go
#

Singularity 3.x 需要 Go。

wget https://dl.google.com/go/go1.13.linux-amd64.tar.gz
tar --directory=/home/apps -xzvf go1.13.linux-amd64.tar.gz

配置环境变量：

export PATH=/home/apps/go/bin:$PATH

可以写入 ~/.bashrc、/etc/profile 或 Modulefile。

Go 不需要 configure、make、make install，解压后配置环境变量即可。

安装 OpenSSL
#

wget https://github.com/openssl/openssl/releases/download/OpenSSL_1_1_1o/openssl-1.1.1o.tar.gz
tar -zxvf openssl-1.1.1o.tar.gz
cd openssl-1.1.1o

./config --prefix=/software/lib/openssl
make
make install

安装 Singularity
#

wget https://github.com/singularityware/singularity/releases/download/v3.5.3/singularity-3.5.3.tar.gz
tar -xzvf singularity-3.5.3.tar.gz
cd singularity-3.5.3

./mconfig --prefix=/software/singularity
cd builddir
make
make install

配置环境变量：

export PATH=/software/singularity/bin:$PATH

如果遇到依赖库缺失，根据报错安装对应系统包。

拉取 NVIDIA HPL 容器
#

NVIDIA NGC 提供 HPC Benchmarks 容器，可以获取不同版本的 HPL/HPCG。

singularity pull --docker-login hpc-benchmarks-21.4.sif docker://nvcr.io/nvidia/hpc-benchmarks:21.4-hpl

拉取后当前目录会生成：

hpc-benchmarks-21.4.sif

进入容器：

singularity shell --nv hpc-benchmarks-21.4.sif

容器内 /workspace 目录通常包含 benchmark 套件。

oneAPI / VTune 安装提示
#

安装 Intel 工具链时可能出现 GUI 相关依赖提示，例如：

libgbm1
libgtk-3-0
xdg-utils
libnotify4
libatspi2.0-0

如果只使用命令行编译器或运行库，这些提示有时可以后续再处理；如果需要 VTune GUI，则建议按发行版安装对应依赖。

Ubuntu/Debian 示例：

sudo apt-get install libgbm1 libgtk-3-0 xdg-utils libnotify4 libatspi2.0-0

备注
#

Singularity 项目后来演进为 Apptainer。旧集群上继续使用 Singularity 3.x 没问题；新环境可以优先评估 Apptainer。

安装 Go#

安装 OpenSSL#

安装 Singularity#

拉取 NVIDIA HPL 容器#

oneAPI / VTune 安装提示#

备注#